SNP 检测

SNP detection

实验原理

单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNP）是指基因组上单个核苷酸的变异，人类基因组平均每1000个就有一个SNP。它是由基因组DNA某一特定核苷酸位置上单个碱基的转换、颠换、插入或缺失引起的点突变，使得群体之间和个体之间产生了差异。其中转换和颠换发生频率较高，转换是指同型碱基之间的转换，即嘌呤与嘌呤、嘧啶与嘧啶间；颠换是指发生在嘌呤与嘧啶之间的替换。事实上转换的发生频率占多数，且CG序列上出现的SNP最为频繁，而且多是C转换为T（见图5.5），原因是CG中的C常因为甲基化自发地脱氨基后即成为T。

图5.5SNP转换示意图（C转化为T）

技术应用

SNP作为第三代遗传标记，在复杂疾病的基因定位、关联分析、个体疾病易感性分析与药物基因组学的研究中发辉了重要的作用。除医学研究外，SNP已逐渐涉及遗传学、生态学、作物育种众多邻域。研究对象也由人类扩展到有重要经济价值和研究价值的动植物、微生物等。

实验流程

实验结果展示

　　　　　　　　　　　　　　图5.6基因组DNA抽提电泳图                                        图5.7目的基因的PCR扩增电泳结果

图5.8目的基因SNP测序结果

TROUBLESHOOTLNG

常见问题FAQ

Q：常见的SNP测定方法有哪些，优缺点是什么？

Q：如何提供待检测的SNP位点信息？

A：关于SNP位点的分析，可根据参考文献给出RS号或者指定的一段基因序列，并标明SNP位点。以RS号rs1799946为例，可在NCBL网站SNP选项中搜索出相关位点信息如下：

A G C C T C T G T C A G C T C A G C C T C C A A A G

[A/G]AGCCAGCCTCTCCCCAGTTCCTGAA

HGVS Names:[NM_005218.3:c.-52G>A]

HGVS是Human Genome Variation Society(人类基因组变异协会)的简称，HGVS命名SNP法的规则是标出引用的核酸序列号（Reference Sequence,RefSeq）和SNP在该核酸序列中的位置，其中NM_005218.3是该核酸序列中的位置，G>A表示原始碱基是G，突变碱基是A。

Q：如何确定一个碱基的变异是突变还是SNP呢？

A：人群中的变异几率大于等于1%则可称之为多态性，小于1%则为突变。通过群体样本的变异几率的数据分析可以判断是突变还是SNP。

Q：纯合子、杂合子可否通过SNP测序法检测到？

A：每个SNP只有两个等位基因，因此存在纯合子（是指同一位点上的两个等位基因相同的基因型个体，如AA）和杂合子（是指同一位点上的两个等位基因不相同的基因型个体，如Aa）的可能。通过测序所得的峰图结果可以分辨是纯合子还是杂合子，如图5.9所示：

图5.9纯合子和杂合子SNP测序结果示意图

参考文献

1. Erichsen HC,Chanock SJ. SNPs in cancer research and treatment.Br J Cancer 2004,90(4):747-51.